Il principio guida dei farmaci innovativi chirali lo prevede chiaramente"il metodo diretto per la determinazione della configurazione molecolare dei farmaci chirali è l'analisi della struttura a raggi X del singolo cristallo". Per farmaci innovativi chirali generali, monocristalloDiffrazione di raggi X sono richiesti anche i risultati dell'analisi della struttura. Poiché i cristalli chirali hanno segnali diffusi in modo anomalo ai raggi X, il coefficiente di Flack può essere calcolato misurando i segnali diffusi in modo anomalo e quindi è possibile ottenere la configurazione molecolare. Rispetto ad altri metodi analitici per analizzare la chiralità, i raggi Xcristallo singolola diffrazione è più diretta e affidabile.

Oltre alla struttura cristallina del farmaco a piccole molecole, un altro uso importante delDiffrazione di raggi X da cristallo singoloè risolvere la struttura complessa delle molecole precursori dei farmaci e delle proteine ​​​​bersaglio. Nei moderni metodi di scoperta dei farmaci, possiamo ottenere la struttura della proteina bersaglio, nonché la struttura complessa del farmaco precursore di piccole molecole e della proteina bersaglio, e vedere chiaramente la modalità di azione dei farmaci a piccole molecole. La progettazione dei farmaci basata sulla struttura, con l'aiuto dei computer, è diventata molto chiara e diretta. Pertanto, lo screening ad alto rendimento, lo screening virtuale, la progettazione di farmaci basata sulla struttura e l'ottimizzazione dei composti guida sono diventate tecniche comuni per la scoperta di farmaci a piccole molecole. Queste tecnologie hanno avuto molto successo e vengono ancora oggi arricchite e sviluppate.